医院在2001年被北京市评为首都精神文明服务达标单位，2001年被海淀卫生局海淀联医协会评为先进医院。2002年12月经国家中医药管理局批准，北京长青肛肠医院为国家肛肠病重点专科。

医院每年除完成肛肠病人的诊治外，还为国内外培训了大量肛肠专科人才。

北京长青肛肠医院的前身是1997年由空军指挥学院申办的一所综合性医院，中国中医药肛肠学会批准成立的肛肠病治疗中心设在该医院内，医院座落于海淀区四季青乡一所名为“西禅寺”的院内，设置病床30张，在肛肠中心成立的7年当中，经过全体医护人员的不懈努力，治愈患者几千名，受到患者的高度好评，曾被BTV-1的《医林奇观》栏目以“无痛巧治肛肠病”为题进行了多次的报道。

2005年1月搬至新的医院楼，并正式更名为“北京长青肛肠医院”成为北京唯一一家一级甲等的肛肠病专科医院，医院开设专科病床100张，有主任医师、副主任医师10人（其中大部分是退休的军队名医），医院设置科室13个，专家技术力量雄厚，医院配置了电子纤维肠镜、彩色B超、电脑遥控X光机等检查诊断治疗设备，各项医疗设备齐全。